Het orgel van de Grote of Maria Magdalenakerk te Goes werd gebouwd van 1641-1643 door de uit Engeland afkomstige William Deakens en telde 26 registers, 2 manualen en een aangehangen pedaal. Van deze periode resten slechts de kassen en de discant van de Roerfluit van het Rugwerk.
Een aantal orgelbouwers past in de loop der eeuwen het orgel aan de dan heersende smaak aan. Van 1704-1711 werkt Jacob Cool uit Rotterdam aan het instrument. Hij plaatst het orgel in de koorsluiting, wijzigt de dispositie, completeert het groot octaaf en bouwt een zelfstandig pedaal.Door dit alles worden de kassen verbouwd. Van hem resten nog enkele registers. Uit deze periode dateren ook de grote beelden en de luiken.
Francois Moreau werkt o.a. in 1739 aan de intonatie van diverse registers en legt opnieuw een middentoon stemming aan. Uit dat jaar dateert ook de zogenaamde “Turkse kap”.
In de 19e eeuw werken Van Oeckelen (hij maakt een nieuwe Vox Humana) en Stulting aan het orgel. De laatste vervangt de oude klavieren. In 1909 wordt het binnenwerk gesloopt en bouwt de fa. Van den Bijlaardt een nieuw pneumatisch orgel achter het front. De frontpijpen stelt hij buiten werking. Een zestal oude registers worden benut. Na de kerkrestauratie van de twintiger jaren breidt de fa. Dekker het orgel uit met een Cornet.
Eind jaren vijftig was het orgel van Van den Bijlaardt geheel versleten. De Kerkvoogdij der Ned. Hervormde gemeente besloot een nieuw orgel te laten bouwen, maar zij had slechts middelen voor een tweeklaviers orgel.
De stad Goes wilde echter gaarne een volwaardig concertorgel in de Grote kerk en men besloot daarom een derde manuaal met twaalf registers te financieren. De exploitatie van het instrument werd in handen gelegd van een daarvoor in het leven geroepen stichting. Tussen aanbesteding en bouw lag echter zoveel tijd dat vanwege inflatie en snel opeenvolgende loonrondes er van de geplande twaalf stemmen slechts acht verwezenlijkt konden worden.
Onder advies van Lambert Erné voltooit de Deense fa. Marcussen in 1970 een nieuw mechanisch orgel met 39 stemmen verdeeld over Hoofdwerk, Rugwerk, Echowerk (achter het hoofdwerk geplaatst) en Pedaal.
De kassen worden gereconstrueerd, het front gerestaureerd en pijpwerk van een negental registers benut. Daaronder de enige historische Tolkaan 4′ van ons land en de Roerfluit 8 van het Rugwerk, mogelijk het enige nog bestaande pijpwerk van William Deakens, oorspronkelijk Roerfluit 4′.
Na het aantreden van Kees van Eersel in 1974 worden er acties ondernomen om de twaalf stemmen van het bovenklavier alsnog te verwezenlijken. In 1980 bouwen B.A.G. Orgelmakers een zwelkast rond het Echowerk. In 1982 brengen zij achter het Echowerk een windlade aan voor vier stemmen en plaatsen twee registers. In 1985 voltooien zij met het plaatsen van de laatste twee tongwerken het oorspronkelijke Marcussen-concept.
| Hoofdwerk C-f”’ | Rugwerk C-f”’ | Echowerk C-f”’ | Pedaal C-f’ |
| Bourdon 16′ | Quintadeen 8′ | Baarpijp 8′ | Prestant 16′ |
| Prestant 8′ | Roerfluit 8′ | Viola di Gamba 8′ | Octaaf 8′ |
| Gedekt 8′ | Prestant 4′ | Viola d’amore 8′ | Gedekt 8′ |
| Octaaf 4′ | Roerfluit 4′ | Prestant 4′ | Tolkaan 4′ |
| Spitsfluit 4′ | Octaaf 2′ | Openfluit 4′ | Nachthoorn 2′ |
| Quint 2 2/3′ | Woudfluit 2′ | Vlakfluit 2′ | Mixtuur VI |
| Octaaf 2′ | Nasard 1 1/3′ | Tertiaan II | Bazuin 16′ |
| Mixtuur V-VI | Sesquialter II | Mixtuur IV | Trompet 8′ |
| Scherp IV | Scherp IV-VI | Fagot 16′ | Trompet 4′ |
| Cornet V | Dulciaan 16′ | Trompet 8′ | |
| Trompet 8′ | Regaal 8′ | Vox humana 8′ | |
| Tremulant | Trompet 4′ | ||
| HW+RW | Tremulant | ||
| HW+EW | |||
| P+HW | |||
| P+RW | |||
| P+EW |